Les émissions d'ammoniac (NH3) et de méthane (CH4) ont un fort impact, direct et indirect, sur la santé humaine, le climat et les écosystèmes.
L'ammoniac réagit rapidement avec les oxydes d'azote et le dioxyde de soufre dans l’atmosphère pour former des sulfates et des particules de nitrates d'ammonium. Ces particules sont appelées aérosols inorganiques secondaires (SIA) et représentent une proportion considérable de la charge totale de poussières fines. En raison de leur petit diamètre (PM2,5), ils peuvent pénétrer profondément dans les voies respiratoires, y rester plus longtemps et causer des dommages durables aux poumons. Les particules sont en partie responsables des maladies pulmonaires et cardiovasculaires, des crises cardiaques et de cancers. Elles influencent le système nerveux central et les organes reproducteurs. Enfin, l'ammoniac provenant de l'agriculture contribue de manière significative à l'apport excessif d'azote dans les écosystèmes naturels et provoque l'eutrophisation, l'acidification et donc la perte de biodiversité. Les systèmes paysagers particulièrement pauvres en éléments nutritifs tels que les tourbières et les forêts souffrent d'un apport d'azote. Déjà 63 % des écosystèmes européens et 73 % des sites NATURA 2000 sont affectés par la pollution atmosphérique.
Le méthane a un potentiel de réchauffement planétaire (GWP100) environ 28 fois plus élevé que le CO2 (rapport 5 de la CIPV) il est donc un polluant ayant un impact important sur le climat. En plus de changement climatique, le méthane détériore également la qualité de l'air. Le méthane s’oxyde naturellement dans l’atmosphère et cela produit du monoxyde de carbone (CO) et de l'ozone (O3). L'ozone formé reste dans les couches inférieures de l'air (près du sol) et nuit non seulement au rendement des cultures, des forêts naturelles, agricoles et forestières, mais a également impact la santé humaine. L'ozone troposphérique entraine, ou aggrave, l'asthme, les maladies respiratoires chroniques, les allergies et les maladies cardiovasculaires. En 2019, le polluant atmosphérique était responsable d'environ 3.350 décès prématurés en Allemagne et 2050 en France (Rapport sur la qualité de l'air 2021 de l'EEE).